《御赐小仵作》的最终结局，解开了困扰观众很长时间的谜题，身份的反转，以及悬念的揭晓，使得这场收官的戏份，格外令人感到过瘾。
兄弟身世真相大白
在围绕萧瑾璃以及萧瑾瑜究竟谁是西平公主亲生子女的争辩之中，最终有了结果。在大结局里表明，萧瑾璃是公主的亲生孩子，然而萧瑾瑜实际上是已经去世的将军陈璎的裔孙。陈璎的妻子跟西平公主情谊极深，在萧瑾瑜还没到足月的时候就提前分娩，把他交给公主养育。
两兄弟被公主以不同态度相待，这引发了诸多猜测，她对萧瑾璃严厉，对萧瑾瑜却格外呵护，而如今这种反差有了合理解释。萧瑾瑜虽早从楚楚那里推测出自己真实出身，不过他始终将公主视作母亲，这份超越血缘的亲情很是令人动容。
小太监的双面角色
剧中，皇帝身旁的小太监金宝，其立场始终捉摸不透。从表面迹象来看，他屡次向宦官秦栾汇报皇帝的行动方向，仿佛是秦栾所安插的眼线。可是，当皇帝提出给秦栾升职后，又暗地里嘱咐金宝进行严密监视，这又隐隐表明金宝或许是皇帝的人。
在结局高潮的那个时候，这个悬念被彻彻底底地揭晓了。金宝的确是皇帝的心腹之人，他长期性地潜伏在秦栾的身旁。秦栾所谋划的叛逆计划借助金宝全部都呈报给了皇帝，如此一来皇帝才能够把控住整个局面，最终把秦栾以及他的那些党羽全部都一举消灭掉 。
秦栾的末路
身具权倾朝野之势的宦官秦栾，自认为谋划得极为周全，在其罪行被萧瑾瑜揭露，进而遭致下狱之后，依旧丝毫没有慌张情绪。他笃定自己所布置的最后一招，也就是命金宝去下毒弑君，是完全能够借此扭转局面的。然而，他怎么也万万没有想到，自己最为信任的那个“棋子”，居然是皇帝安排的人。
秦栾那全部阴谋，早被皇帝凭借金宝洞悉，秦栾在狱中盼好消息，等来的却是计划败露，大势已去的结果，这个往昔翻云覆雨的大宦官，最终于牢狱中结束了自身一生，其势力也跟着土崩瓦解 。
昌王疑云
在剧中，很早的时候就出现了那个自称昌王的薛汝成，他身着龙袍试图谋划复辟。昌王原本是先帝的儿子，本应该在甘露之变之后继承皇位，然而却被当今的皇帝给剿灭了。薛汝成是以昌王的名号来进行活动的，可是按照这部剧一直以来所秉持的悬疑风格，像这样一个如此重要的反派过早地暴露身份，实在是显得不符合常理。
确实如此，薛汝成于大结局来临之前去演出了一场“假死”的戏码，试图借一场火灾来金蝉脱壳，施展手段去误导萧瑾瑜等一众之人。然而他的这般计谋被楚楚凭借验尸这一行为给识破了，而后萧瑾瑜顺着线索追查下去，最终揭开了薛汝成的实际面目。
薛汝成的真实身份
萧瑾瑜依据楚楚所提供的线索，深入展开调查，发觉薛汝成并非那真正的昌王，他的实际身份乃是昌王往昔的伴读薛堂，真正的昌王早就被皇帝给铲除了，薛堂仅仅是借用了昌王的名号，纠集那些残余势力妄图造反。
起事现场，薛汝成被萧瑾瑜当众拆穿其伪装，其众多部下得知所揭露的真相之后，纷纷选择离去，薛汝因此时马上众叛亲离，苦心进行多年经营的复辟计划在顷刻间彻底崩溃。薛汝成本人最终还死于萧瑾瑜预先就设下的机关当中，这样的反转出乎许多观众的预料。
反派落幕与主题升华
薛汝成之所以失败，不只是因为身份被人给揭穿了，而且还在于其行为根本没有 获取到人们的支持 。 他打着昌王的旗号去团聚势力，而且不过是为了满足个人的贪欲及野心 。 当谎言被识破没有作用了 ， 那他所谓的 “ “大义”的名分就消失了 ， 跟着他的人自然而然也就都散开了 。
剧集借这一连串反转，突显了真相跟正义的价值，无论萧瑾瑜探寻自身身世，还是揭发薛汝成阴谋，均展现了对事实的敬重，主角们依靠专业知识以及坚定信念，最终捍卫了法理与公义 。
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