备受御赐的女仵作楚楚，重新回到公众的视野范围之内。一出手，她竟然成功揭穿了宫廷寿宴之上的“闹鬼”头颅谜团。与此同时，她也把自身卷入了一场牵扯到大内侍卫死亡的复杂案件之中。
寿宴惊现会动头颅
大唐的皇帝过生日的日子，安郡王妃楚楚也在酒席当中。面对那些身份高贵的女子们在私底下的谈论，她并没有放在心上，一直到那颗能够移动的头骨出现。楚楚立即走过去进行查看，很快指明头骨里面有青蛙才是它呈现出“活过来”这种状况的缘由，化解了当时现场的尴尬局面。
惠妃娘娘向宫女示意，让其把证物收走，然而楚楚一旦接触到尸骨，依靠专业方面所具备的经验，马上察觉到这并非是意外状况。她朝着萧瑾瑜低声去禀报，断定这是一起属于凶杀性质的案件，从而给后续的调查确定了相应的基调。
荷花池底捞起旧案
萧瑾瑜拜托兄长萧景璃，在连夜之时打捞剩余的尸骨。萧景璃的一句调侃，显示出这对兄弟对于查案投入其中。骸骨是从池底的淤泥里被寻获的，很快楚楚就验明了它的正身。
逝者乃半年前宣称辞去官职离开京城，身份为大内侍卫的伍两。这位具备高强武功的人，毫无声息地在宫中荷花池丧命。死亡的时间和他离开京城的时间相契合，很明显当初所说的辞官之说实乃一个伪装的表面理由之处罢了。
凶手竟为柔弱女子
对骨骼伤痕展开细致检验之后，楚楚得出了一个结论，这个结论令人意外。造成致命伤的击打方式，造成致命伤的力度，以及造成致命伤的角度，都将凶手指向一名女子，如此这般极大地缩小了排查范围。
皇宫里面内院的女子是以宫女作为主要构成的，这样的判断把调查的焦点引向了后宫的方向。有一个武功很厉害的侍卫死在了女子的手里，这里面的缘由一下子就变得难辨清楚、捉摸不定了。
当殿测试引出真凶
景翊为了能尽快将案件侦破，进而对潜在的案犯起到震慑作用，于是提议在皇帝跟前开展公开测试，他把有嫌疑的宫女召集起来，采用蒙眼的方式逐个进行试探，凭借会武者身体的本能反应去寻觅破破绽 。
确实这一方法起到了效果，测试期间石青这个宫女露出了破绽，当场就承认了罪行。然而楚楚并未停下脚步，她提出要查验石青身上的伤痕，结果发现长期以来她遭受着伍两的暴力威胁 。
情有可原的杀人动机
萧瑾瑜接着展示从伍两那里查获的香囊以及书信，让宫女们去辨认，众人一开始因为畏惧都不说话，一直到萧瑾瑜拿出已经掌握的证据，原来啊伍两长时间欺骗、把控多名宫女，石青是为了保护同伴才跟他产生冲突 。
冲突之际，石青为了谋取自身安全保障，意外致使伍两失去生命。楚楚依据此情形，竭力陈述表明，石青的这般行为属于自身防卫范畴，不应当被判处死刑。萧瑾瑜同样凭借正当处于外邦使团前来朝拜之际、不适合动用刑罚的缘由，提出建议暂且延缓处置 。
女性互助与法理人情
行刑的前一晚，宫女柳儿等人鼓得起勇气站出来作证，众人曾遭受伍两的欺压，将此人的恶行给坐实下，而最后的石青免了死罪，不过仍受到相应惩处，体现出楚楚变得成熟，不再僵化看待黑白，更关注背后的不公。
这也对第一季萧瑾瑜的理念起到了呼应的作用。在剧中，女性之间的理解以及扶持同样是动人的，不管是冷月对楚楚事业给予的支持，还是萧瑾瑜对楚楚专业价值作出的肯定，都使得故事更增添了温度。
三年已然过去，那熟悉的搭档以及节奏全部都回归了，新的案件又把南赵和大唐之间的暗战给牵扯出来了。枯井里面有沉尸，高僧遭遇杀害等这些谜团的背后，到底隐藏着什么样的阴谋呢？对于《御赐小仵作》这个系列，最让你感觉到亲切的，是原班人马所具有的默契，还是案件当中展现出来的法与情的那种平衡呢？
